Es el mayor de los seis hermanos Guilisasti Gana. Fue nombrado gerente general de Viña Concha y Toro en abril de 1989, siguiendo con la tradición familiar de dirigir el negocio vitivinícola.
Durante su gestión la empresa ha conseguido tener presencia en más de 130 países del mundo, y actualmente es la productora y exportadora de vinos chilenos más grande del país y una de las principales del mundo. En 2022, la compañía consiguió aumentar en un 4% sus ingresos respecto del año anterior, aunque su beneficio neto anual descendió en un 10%.
Eduardo Guilisasti, quien tiene una licenciatura de la Pontificia Universidad Católica de Chile, también está al frente del directorio de Molibdeno y Metales S.A (Molymet) desde 2021.